PHPと、SSIは共存できないようなので、PHP上で、SSIの記述が動くような関数を作りました。以下、テンプレートとなるhtmlの記述の中で、
<!--#include virtual="/ssi/header.html" -->
といった部分を、そのファイルの中身のHTMLに置き換えてくれる関数です。
正規表現を使って実装してます。
ファイルのパスは、DOCUMENT_ROOTからの絶対パスとしています。

function ssi_tmp_engine($html)
{
//SSIの vertial の読み込みを、 PHPで実装
while( ereg("<!--#include virtual=\"([[:alnum:]_/\.]+)\" -->",$html, $matches) )
{
$fileName = $matches[1];
$templateHTML = file_get_contents( $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].$fileName ) or die("SSI ENGINE : ファイルが読み込めません\n");
$html = str_replace($matches[0],$templateHTML,$html);
}
return $html;
}