非表示状態のレイヤーやアイテム・グループをきれいに消去してくれるJavascriptを作ってみました。ロックされてても関係なく消されます。個人的には最後のクリーンナップがポイント高し。

DeleteAllHiddens.zip

＜使い方＞
・解凍したファイルを「Adobe Illustrator CS3/プリセット/スクリプト/...」に保存
・「ファイル→スクリプト→DeleteAllHiddenItemsAndLayers」を実行
・実行後アラートで処理結果を表示

＜処理の流れ＞
非表示状態のアイテムの消去
↓
非表示状態のレイヤーの消去
↓
子要素がなくなったレイヤーの消去（クリーンナップ）


前回のスクリプトの使用前に使うと便利かと思います。